生物质燃料锅炉的运行与燃煤锅炉的运行一样，根据不同的锅炉规格型号设置不同的燃烧设备。但由于生物质颗粒燃料是经过压缩成型的，水分大、密度高、挥发分溢出速度慢，不易着火燃烧，容易冒黑烟。所以要保证生物质燃料燃烧完全，即：要使燃烧设备与所用燃料相适应；要从提高炉膛温度、改善燃烧来减少不完全损失；要从燃料空气比例，煤层厚度，炉排速度，炉膛负压和过量空气系数等来进行调节和控制；在运行中要加强检查、维护和保养。
生物质燃料是经过高压低温压缩加工成型的颗粒状燃料，水分大，体积大，燃料之间相互碰撞阻力大，所以在安装螺旋式上料机时要注意以下几个方面：螺旋式上料机安装时，输料管与地面下储料斗连接时要有一定的倾斜角度。但为了节约锅炉房占地面积，同时又符合锅炉房设计规范的工艺布置要求，所以输料管的倾斜角≤60°为宜。在燃料经过螺旋式上料机的螺旋轴转动下通过输料管进入到密闭式料斗时，由于燃料层厚度受煤闸门的限制。因此，为了避免燃料进入的太多，造成燃料在密闭式燃料斗和输料管内积压，并影响燃料通过煤闸门。可以在螺旋式上料机最上端与密闭料斗连接的输料管最上端位置开一个检查孔，并安装一个行程开关对螺旋式上料机电动机的启动、停止进行自动控制。当密闭式料斗和输料管内的燃料积压时，可以自动切断螺旋式上料机电动机电源，而使螺旋式上料机停止工作；当密闭式燃料斗和输料管内的燃料缺少时，自动连接螺旋上料机电源，使螺旋上料机开始工作，往输料管密闭式料斗内输送燃料。由于生物质燃料是高挥发分燃料，燃料的燃烧速度比煤快，并且燃烧所含的灰分比煤低，燃料的燃尽率比煤高。生物质燃料的燃尽率可达到96%，而煤的燃尽率在85—94%之间。所以生物质燃料在燃炉中的燃烧温度能达到1060℃以上。因此根据锅炉负荷情况，正确调整生物质燃料层的高度及炉排转，是为了最大的提高锅炉热效率的一项措施。一般燃煤锅炉的煤层厚度控制在100—140毫米之间，负荷高时加高煤层厚度，负荷低时减低煤层高度。炉排机转速一般情况下可控制在250—400转/分钟，最高不超过450转/分钟，以维持煤燃料的足够燃烬时间。而生物质燃料的燃点低、挥发分高、燃烧速度快、燃烬率高、燃烧温度高。所以根据生物质锅炉经过一个采暖期运看，我们认为生物质燃料锅炉的煤层厚度一般控制在130—150毫米之间，负荷高时可加高燃料层厚度，负荷低时减低燃料层厚度。炉排机转速一般情况下可控制在300—500转/分钟，最高不超过550转/分钟。以便维持生物质燃料足够的燃烬时间。如果炉排机转速过慢，容易引起倒燃而使燃料斗里的燃料着火。所以在锅炉运行要随时观察炉排上燃料燃烧的情况，如燃料斗里的燃料有着火现象，应及时加大炉排机转速，以消除燃料斗里的燃料着火情况。
生物质燃料具有挥发分高、燃点低、燃烬率高、灰分少的特点，所以为了保证锅炉燃烧正常运行，在运行时须注意以下几点：根据锅炉运行实际燃料的消耗量调整上料机的燃料供给量。高温裂解室内（炉膛内）的燃料未燃尽，鼓、引风机不得停止运行。运行中突然停电时，必须及时清除高温裂解室内（炉膛内）的燃料。停炉前，不得再添加生物质燃料。停炉时，无需封火，炉排上燃料燃尽后，鼓、引风机方可停止运行。每班检查转动机构运行情况及减速机内的油位是否正常。定期清理折烟室内和烟管内积灰和灰渣。高温裂解室内（炉膛内）的配氧参数在锅炉安装调试好后，请勿乱动。锅炉操作人员必须责任心强，按操作规程进行作业。
生物质燃料储存应注意防雨、防潮。生物质燃料如被雨水淋湿或长期放置潮湿的地方，生物质颗粒发生粉化现象，一定注意防范。
